Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Правила форума
Как правильно задавать вопросы Правильно сформулированный вопрос и его грамотное оформление способствует высокой вероятности получения достаточно содержательного и по существу ответа. Общая рекомендация по составлению тем: 1. Версия ОС вместе с разрядностью. Пример: LM 18.1 x64, LM Sarah x32 2. DE. Если вопрос касается двух, то через запятую. (xfce, KDE, cinnamon, mate) 3. Какое железо. (достаточно вывод inxi -Fxz в спойлере (как пользоваться спойлером смотрим здесь)) или же дать ссылку на hw-probe 4. Суть. Желательно с выводом консоли, логами. 5. Скрин. Просьба указывать 1, 2 и 3 независимо от того, имеет ли это отношение к вопросу или нет. Так же не забываем об общих правилах Как пример вот

Автор темы
KristinRassel
Сообщения: 4
Зарегистрирован: 12 мар 2019, 12:37

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение KristinRassel » 12 мар 2019, 12:50

Доброго дня! Прошу помощи в установке программы!
Пользуюсь линуксом не так давно, поэтому не кидайте, пожалуйста, камнями :smile:
ОС - Linux Mint 19 Cinnamon х64
System: Host: anna-X540LJ Kernel: 4.15.0-20-generic x86_64 bits: 64 gcc: 7.3.0
Desktop: Cinnamon 3.8.8 (Gtk 3.22.30-1ubuntu1) Distro: Linux Mint 19 Tara
Machine: Device: laptop System: ASUSTeK product: X540LJ v: 1.0 serial: N/A
Mobo: ASUSTeK model: X540LJ v: 1.0 serial: N/A
UEFI: American Megatrends v: X540LJ.207 date: 05/30/2016
Battery BAT0: charge: 4.5 Wh 16.9% condition: 26.7/34.6 Wh (77%) model: ASUSTeK ASUS status: Charging
CPU: Dual core Intel Core i3-5005U (-MT-MCP-) arch: Broadwell rev.4 cache: 3072 KB
flags: (lm nx sse sse2 sse3 sse4_1 sse4_2 ssse3 vmx) bmips: 7981
clock speeds: max: 1900 MHz 1: 1895 MHz 2: 1895 MHz 3: 1895 MHz 4: 1895 MHz
Graphics: Card-1: Intel HD Graphics 5500 bus-ID: 00:02.0
Card-2: NVIDIA GK208M [GeForce 920M] bus-ID: 04:00.0
Display Server: x11 (X.Org 1.19.6 ) drivers: modesetting (unloaded: fbdev,vesa)
Resolution: 1366x768@60.00hz
OpenGL: renderer: Mesa DRI Intel HD Graphics 5500 (Broadwell GT2)
version: 4.5 Mesa 18.0.5 Direct Render: Yes
Audio: Card-1 Intel Wildcat Point-LP High Definition Audio Controller driver: snd_hda_intel bus-ID: 00:1b.0
Card-2 Intel Broadwell-U Audio Controller driver: snd_hda_intel bus-ID: 00:03.0
Sound: Advanced Linux Sound Architecture v: k4.15.0-20-generic
Network: Card-1: Realtek RTL8101/2/6E PCI Express Fast/Gigabit Ethernet controller
driver: r8169 v: 2.3LK-NAPI port: 4000 bus-ID: 02:00.2
IF: enp2s0f2 state: up speed: 100 Mbps duplex: full mac: <filter>
Card-2: Qualcomm Atheros QCA9565 / AR9565 Wireless Network Adapter driver: ath9k bus-ID: 03:00.0
IF: wlp3s0 state: down mac: <filter>
Drives: HDD Total Size: 256.1GB (87.8% used)
ID-1: /dev/sda model: INTEL_SSDSC2KW25 size: 256.1GB temp: 0C
Partition: ID-1: / size: 234G used: 210G (95%) fs: ext4 dev: /dev/sda2
RAID: No RAID devices: /proc/mdstat, md_mod kernel module present
Sensors: System Temperatures: cpu: 50.0C mobo: N/A
Fan Speeds (in rpm): cpu: 2400
Info: Processes: 266 Uptime: 3:08 Memory: 2952.7/3843.5MB Init: systemd runlevel: 5 Gcc sys: 7.3.0
Client: Shell (bash 4.4.191) inxi: 2.3.56
Следую инструкции из мануала, но в одном месте вылезает баг и у меня не получается решить эту проблему...
Быть может в инструкции что-то не так?
Меня смущает откуда взялась данная директория /usr/local/bin/kakusan4 - ибо я не вижу команды к ее созданию или переносу.
Дело только в доступе или быть может не срабатывает какая-то из команд?

Программа рассчета моделей для построения филогении:
https://www.fifthdimension.jp/products/kakusan/
https://www.fifthdimension.jp/documents ... ection.pdf (мануал -5 страничка)

Спасибо за правки:)

Решение Chocobo » 12 мар 2019, 13:58
KristinRassel, ну, самый простой вариант, раз софт доверенный - это будет перед началом выполнения инструкции вызвать sudo -i, чтоб работать далее от суперпользователя.

А дальше все как там написано, но уже опуская sudo в начале некоторых комманд. И тогда прав хватит на все необходимое :)

Перейти к ответу ➙
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Последний раз редактировалось пользователем 2 KristinRassel; всего редактировалось раз: 12

Аватара пользователя

slant
Сообщения: 1860
Зарегистрирован: 21 июн 2017, 15:09
Решено: 30
Благодарил (а): 15 раз
Поблагодарили: 809 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение slant » 12 мар 2019, 13:03

KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
Пользуюсь линуксом не так давно, поэтому не кидайте, пожалуйста, камнями
Не, мы просто напомним, что телепаты в отпуске. И оформлять тему нужно с учетом этого факта. :)
KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
ОС - Linux Mint 19 Cinnamon
Не информативно. Надо было сделать то, что наверху страницы в рамочке написано. Хотя бы вывод inxi -Fxz
KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
Следую инструкции из мануала, но в одном месте вылезает баг и у меня не получается решить эту проблему...
Быть может в инструкции что-то не так?
Ну и как прикажешь на это отвечать? Какая инструкция, откуда? Ссылку на инструкцию в студию.

Да и не мешало бы написать, что это за программа, откуда, и зачем ее вообще понадобилось компилировать вручную. Возможно, для нее уже давно PPA есть...

Аватара пользователя

Chocobo
Сообщения: 9249
Зарегистрирован: 27 авг 2016, 19:57
Решено: 200
Откуда: НН
Благодарил (а): 645 раз
Поблагодарили: 2659 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение Chocobo » 12 мар 2019, 13:08

KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
но в одном месте вылезает баг
Никакого бага тут нет, покажи свою инструкцию :)

sudo будет относиться к echo, а перенаправление stdout будет выполнено с пользовательскими привилегиями
Изображение
   
Изображение


Автор темы
KristinRassel
Сообщения: 4
Зарегистрирован: 12 мар 2019, 12:37

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение KristinRassel » 12 мар 2019, 13:32

Chocobo писал(а):
12 мар 2019, 13:08
KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
но в одном месте вылезает баг
Никакого бага тут нет, покажи свою инструкцию :)

sudo будет относиться к echo, а перенаправление stdout будет выполнено с пользовательскими привилегиями
Вот-с: https://www.fifthdimension.jp/documents ... ection.pdf (5-я страница) :))


Автор темы
KristinRassel
Сообщения: 4
Зарегистрирован: 12 мар 2019, 12:37

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение KristinRassel » 12 мар 2019, 13:36

slant писал(а):
12 мар 2019, 13:03
KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
Пользуюсь линуксом не так давно, поэтому не кидайте, пожалуйста, камнями
Не, мы просто напомним, что телепаты в отпуске. И оформлять тему нужно с учетом этого факта. :)
KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
ОС - Linux Mint 19 Cinnamon
Не информативно. Надо было сделать то, что наверху страницы в рамочке написано. Хотя бы вывод inxi -Fxz
KristinRassel писал(а):
12 мар 2019, 12:50
Следую инструкции из мануала, но в одном месте вылезает баг и у меня не получается решить эту проблему...
Быть может в инструкции что-то не так?
Ну и как прикажешь на это отвечать? Какая инструкция, откуда? Ссылку на инструкцию в студию.

Да и не мешало бы написать, что это за программа, откуда, и зачем ее вообще понадобилось компилировать вручную. Возможно, для нее уже давно PPA есть...
Это программа для расчета эвол. моделей для построения филогении. Как я поняла, подобная компиляция единственный вариант для Linux, увы :(

Ссылка на мануал вот: https://www.fifthdimension.jp/documents ... ection.pdf
Тут же ссыль на офиц. страницу проги: https://www.fifthdimension.jp/products/kakusan/

Спасибо большое за то что откликнулись! :)

Аватара пользователя

Chocobo
Сообщения: 9249
Зарегистрирован: 27 авг 2016, 19:57
Решено: 200
Откуда: НН
Благодарил (а): 645 раз
Поблагодарили: 2659 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение Chocobo » 12 мар 2019, 13:58

KristinRassel, ну, самый простой вариант, раз софт доверенный - это будет перед началом выполнения инструкции вызвать sudo -i, чтоб работать далее от суперпользователя.

А дальше все как там написано, но уже опуская sudo в начале некоторых комманд. И тогда прав хватит на все необходимое :)
Изображение
   
Изображение

Аватара пользователя

darkfenix
Сообщения: 5520
Зарегистрирован: 27 июн 2017, 10:36
Решено: 62
Откуда: Нижний Тагил
Благодарил (а): 308 раз
Поблагодарили: 1029 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение darkfenix » 12 мар 2019, 15:03

KristinRassel, это одна команда

Код: Выделить всё

sudo echo '#! /bin/sh export PATH=/usr/local/share/kakusan4:$PATH perl /usr/local/share/kakusan4/kakusan4.pl $*' > /usr/local/bin/kakusan4
И тогда будет создан файл /usr/local/bin/kakusan4
Можно сделать по другому

Код: Выделить всё

sudo touch /usr/local/bin/kakusan4
sudo xed /usr/local/bin/kakusan4
И вставить в открывшийся файл такой код

Код: Выделить всё

#! /bin/sh
export PATH=/usr/local/share/kakusan4:$PATH
perl /usr/local/share/kakusan4/kakusan4.pl $*
Ну и тоже самое в этом месте

Код: Выделить всё

sudo echo '#!/bin/sh export PATH=/usr/local/share/aminosan:$PATH perl /usr/local/share/aminosan/aminosan.pl $*' > /usr/local/bin/aminosan

Код: Выделить всё

sudo touch /usr/local/bin/aminosan
sudo xed /usr/local/bin/aminosan
И вставить

Код: Выделить всё

#!/bin/sh
export PATH=/usr/local/share/aminosan:$PATH
perl /usr/local/share/aminosan/aminosan.pl $*
Изображение

Аватара пользователя

Chocobo
Сообщения: 9249
Зарегистрирован: 27 авг 2016, 19:57
Решено: 200
Откуда: НН
Благодарил (а): 645 раз
Поблагодарили: 2659 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение Chocobo » 12 мар 2019, 15:05

Ну и в догонку, смотрю на сайте есть готовые скрипты сборки под деб-системы.
https://www.fifthdimension.jp/products/molphypack/

И там кстати эту фигню с sudo echo в явном виде поправили на последовательность echo и sudo mv)

Код: Выделить всё

echo '#!/bin/sh
perl /usr/local/share/kakusan4/kakusan4.pl $*' > kakusan4 || exit $?
chmod 755 kakusan4 || exit $?
sudo mv kakusan4 /usr/local/bin/ || exit $?
Изображение
   
Изображение

Аватара пользователя

Chocobo
Сообщения: 9249
Зарегистрирован: 27 авг 2016, 19:57
Решено: 200
Откуда: НН
Благодарил (а): 645 раз
Поблагодарили: 2659 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение Chocobo » 12 мар 2019, 15:07

darkfenix писал(а):
12 мар 2019, 15:03
И тогда будет создан файл /usr/local/bin/kakusan4
Так не будет же по пермишнам пайпа, о чем я в первый раз и писал :)
Изображение
   
Изображение

Аватара пользователя

darkfenix
Сообщения: 5520
Зарегистрирован: 27 июн 2017, 10:36
Решено: 62
Откуда: Нижний Тагил
Благодарил (а): 308 раз
Поблагодарили: 1029 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение darkfenix » 12 мар 2019, 15:15

Chocobo, точно. Еще ведь подумал что что-то не то с конструкцией. Вот так тогда надо

Код: Выделить всё

echo "#! /bin/sh \nexport PATH=/usr/local/share/kakusan4:$PATH \nperl /usr/local/share/kakusan4/kakusan4.pl $*"  |  sudo tee /usr/local/bin/kakusan4
Изображение


Автор темы
KristinRassel
Сообщения: 4
Зарегистрирован: 12 мар 2019, 12:37

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение KristinRassel » 12 мар 2019, 16:01

Chocobo писал(а):
12 мар 2019, 15:05
Ну и в догонку, смотрю на сайте есть готовые скрипты сборки под деб-системы.
https://www.fifthdimension.jp/products/molphypack/

И там кстати эту фигню с sudo echo в явном виде поправили на последовательность echo и sudo mv)

Код: Выделить всё

echo '#!/bin/sh
perl /usr/local/share/kakusan4/kakusan4.pl $*' > kakusan4 || exit $?
chmod 755 kakusan4 || exit $?
sudo mv kakusan4 /usr/local/bin/ || exit $?
Спасибо Вам большое! Предыдущий совет с "sudo -i" помог :smile:
Надо же, из-за незнания такого небольшого нюанса два дня голову ломала... :joke:

Аватара пользователя

darkfenix
Сообщения: 5520
Зарегистрирован: 27 июн 2017, 10:36
Решено: 62
Откуда: Нижний Тагил
Благодарил (а): 308 раз
Поблагодарили: 1029 раз

Проблемы с компиляцией программы kakusan4

Сообщение darkfenix » 12 мар 2019, 16:03

KristinRassel, только это не очень хорошая практика :hoho:
Изображение

Вернуться в «Иное программное обеспечение»