Нет, не оно.
Я уже получил исчерпывающий ответ на англоязычном форуме в первом же сообщении.
В Nautilus, GNOME Files, Nemo и Caja захардкодено (просто потому что все они — форки Nautilus), что сначала идут обычные папки, а потом скрытые, аналогично для файлов. И в качестве пруфа меня привели комментарий самих разработчиков Nemo.
А в Thunar — наоборот — сначала скрытые, а потом обычные.
Поэтому я просто перешёл на Thunar и теперь доволен.
Тему можно считать закрытой.