Откуда у вас такая информация, если не секрет? Насколько мне известно, единственный официальный формат отчётности, который они принимают - это xml, подписанный ЭЦП. Для этого есть "два путя":
1. 1С:Бухгалтерия - там отчёт обычно формируется, проверяется (если нужно - на стороннем сервере), подписывается ЭЦП, шифруется и отправляется в налоговую. Альтернативы 1С-ке есть, но гораздо менее распространены.
2. Многочисленные онлайн-сервисы. Тут нужен только браузер. Данные вносятся вручную (хотя можно импортировать и xml-файл), а дальше всё то же самое.
В обоих случаях на клиентской машине также нужен КриптоПРО, или другой отечественный аналог. Сопроводительную писанину и сканы мы отправляем в формате pdf, через ту же 1С-ку. И собственно, всё.
1С, КриптоПРО и, тем более, браузеры - всё это теперь есть на линуксе. Ещё для повседневной работы сейчас нужен электронный документооборот. Самый популярный сервис (СБиС) недавно тоже объявил об официальной поддержке линя.
Теоретически, типичное АРМ бухгалтера можно перевести на линукс хоть сегодня (начало года - самое подходящее время). Но, как обычно, дьявол кроется в мелочах:
1. Многочисленные личные кабинеты: налоговая, пенсионный, соцстрах, госуслуги, банк и прочие. Например, для аптек - ещё плюс маркировка, росздавнадзор, мониторинг цен и т.д. Не меньше десятка в общей сложности, и почти везде нужен вход по ЭЦП. И везде, блин, это реализовано по-разному. Где-то нужен только IE или Яндекс.Браузер, где-то пачка каких-то плагинов, где-то нужно установить экзешник с неведомой хренью. То есть, даже на винде нужны танцы с бубнами, а столкнуться с нерешаемыми проблемами на линуксе - легче лёгкого.
2. Иногда действительно нужен MS Office. Нам антимонопольщики периодически присылают экселевский файлик для сбора данных. Конечно, это происходит раз в год (и то не всегда), но для его заполнения нужен именно Excel, и проигнорировать его нельзя.
3. Иногда нужно запустить какой-либо экзешник. Например, типичная ситуация - подправить отчет в пенсионный с помощью их софтины.
4. Переходя на линукс, придётся стать первопроходцем. И первому преодолевать все платформо-зависимые баги, недочёты и недоделки. Та же линукс-версия 1С-ки несколько лет назад была весьма глюкавой и падучей.