Поддержка проприетарного железа - 99% железа проприетарно, все вендоры жадно прячут свои спецификации за семью замками

Intel - неясно чем он тебе насолил, интел норм вкладывается в разработку ядра и поддержку своих девайсов, они обычно заинтересованы
Видеокарты - ну опять жеспорный вопрос, т.к. оба основных вендора свои дровишки пилят. разве что конкретные примеры со старми амд-видаками, и то что во многих случаях опенгл в 3д несколько уступает directx на сегодня в производительности.
Wi-Fi модули - тут да, есть затыки с некоторыми производителями
Принтеры (и вообще печать может вызывать проблемы) -тут аналогично.
Прочие девайсы - непонятный пункт, сюда можно подмять вообще все подряд)
Интеграция виндоус ПО - виндоус по оно на то и есть, чтоб работать в виндоус) кросспалтформерные приложения везде работают в целом одинаково.
MS Office (если вы по каким-то причинам завязаны именно на этот офисный пакет необходимостями типа спец-возможностей или корпоративных стандартов) - ну суть та же, если нужен конкретный десктопный клиент sharepoint, то лучше всего он будет работать в своей родной оси. Как и свои родные форматы мсо будет поддерживать красивей чем прочие.
Специализированные программы - тут тоже не ясно, дальше по списку перечилсяются тоже вполне себе специализированные программы.
AutoCAD и его производные - С этой сферой я знаком оч слабо. ничего не скажу
Photoshop (может быть полноценно заменен Gimp'ом) - и да и нет. гимп фунционально может и не отcтает, это отдельная тема, но примерно как с офисом есть негласный стандарт на распространенный psd-формат, который гимпместами не пережует. По
inDesign и др. версточное ПО - тоже нечего сказать по теме, я далек от этого
3D Max и др. 3Д-моделирование (в Linux есть программы для 3Д-моделирование, но они слабее) - тут можно возразить, есть нативная Maya, есть блендер который вырос в серьезный продукт. То же с аудио/видеоредакторами, есть и крутые профессиональные штуки
Corel Draw и др. векторные редакторы - тоже нечего сказать по теме, я далек от этого
1С и др. базы данных - 1суже упоминали, что давненько работает нативно, а вот про остальные субд я бы сказал что все наоборот. Это все таки чаще серверная роль, где вин-системы зачастую далеко позади. Даже свою MSSQL выкатили нативно под линукс не так давно) про различные Oracle/MySQL/FireBird/SQLite - таки вовсе вин там обычно незачем.
Adobe Premier (может быть заменен аналогами в Linux) - упоминал выше видеоредакторы, навскидку вспоминается lightworks, был еще какой-то крутой проект
Студии звукозаписи (могут быть заменены аналогами в Linux) - аналогично
Некоторые программы тестирования, диагностики и восстановления. - тестирование чего? Диагностика и отладка ПО и СПО как раз на голову выше закрытых осей, ковыряй на здоровье.
Игры - разумеется уступаем виндам, но динамика за последний десяток лет была очень красивой. Сейчас уже может вполне покрыть нужды многих неигроманов)
Драйверы под новое оборудование запаздывают на 2-3 года (а иногда под нишевое железо и вовсе не появляются). - это тоже непонятный пункт, вендоры ЦПУ и видео обычно вносят поддержку в ядро еще до релиза железки.
Поддержка смешаных с Windows сетей может вызывать определенные проблемы (AD, Samba) - вин-сервисы и софт всегда так иили иначе вызывают какой-то головняк)