Дополню: нужные вам настройки лежат по адресу
/usr/share/themes/Название-Вашей-Темы/cinnamon/cinnamon.css
Это обычный css-файл, такой же, который используется для создания стилей веб-сайтов. А конкретно настройки значка в сгуппированном списке окон (речь же идёт о нём, а не о простом списке окон?) задается тут:
.grouped-window-list-item-box - в этой секции находятся общие параметры кнопок, а в секции
.grouped-window-list-item-box.top, .grouped-window-list-item-box.bottom (которая выделена на скриншоте) - параметры этих же кнопок, но только если они расположены на горизонтальной панели, не важно, вверху или внизу.
Именно там можно найти параметр
border-bottom-width:, который задает ширину рамки вокруг кнопки (у вас, скорее всего, будет 2 пикселя), и определяет, что это касается только нижней части кнопки. Остальные части рамки никак не задаются, поэтому имеют нулевую толщину, что и выглядит как подчеркивание. Цвет подчёркивания задаётся чуть ниже: секция
.grouped-window-list-item-box:active, .grouped-window-list-item-box:checked, параметр
border-color:
Если будете экспериментировать, то тему лучше скопировать себе в домашнюю папку, в ней как раз есть скрытая папка ".themes" для таких случаев, и как-нибудь переименовать. Должно получиться что-то типа
/home/имя-пользователя/.themes/Название-Вашей-Темы-TEST/cinnamon/cinnamon.css