Dja, у меня основной раздел для данных - ntfs. Конечно, есть и раздел ext4 с точкой монтирования /home, но там хранятся либо временные файлы, либо не нужный для скидывания на внеш. хард (например, установленные игры), либо нужные, которые в конечном быстренько оказываются на ntfs. Поэтому вопрос кроссплатформенности остается открытым. Если короче, то я синхронизирую данные только из ntfs раздела. Думаю, до этого несложно догадаться.
-------------------
Когда передо мной встала данная проблема, я думал, что хорошей идеей будет сделать и внеш. хард в ntfs, но после я передумал, ибо ext4 имеет ряд преимуществ, в частности, для меня важна проблема износа харда, ntfs нужно:
1) дефрагментировать
2) периодически проверять на вирусы (которые успешно могут мигрировать из винды)
А диск на минуточку 2TB... ext4 сводит на "нет" этот периодически повторяющийся долгий непрактичный изнуряющий секс. Кроме того инструментам шифрования на Линухе я больше доверяю, чем на винде: они просты, удобны и прозрачны. Это еще одна причина, почему я решил использовать инструментарий GNU/Linux как основу для работы с внеш. диском.
В сухом остатке схема проста:
1 раздел - ntfs 150гб
2 раздел - ext4 1,5tb
3 раздел - lunks оставшееся пространство
1 раздел является буферной зоной для переноса данных из винды в GNU/Linux. Для переноса данных с ext4 раздела в винду используется портативная версия total commander-а со спец. плагином, хранящаяся внимание! в буферной зоне
3 раздел, естественно, на винде не открываю.
Основное средство синхронизации - unison, в частности, его морда unison-gtk, которая (как оказалось) проще некуда.
Думаю разобраться с консольной версией, да все руки не доходят. В целом, функционала, предоставляемого unison-gtk для меня вполне достаточно... В итоге, тему на данный момент для себя считаю замороженной (ибо базовые потребности я уже сейчас могу удовлетворить), но, когда будет время и желание, я к ней еще вернусь, дабы рассмотреть подробней.
-------------------
Приобрел внешний хард. 
