Истина где-то рядом.
Системы с пакетным менеджером apt (дебианоподобные, куда входят убунту и минт) очень хорошо справляются с установкой/удалением - лишних хвостов практически не остается. Если использовалась команда remove - остануться конфиги. Если purge -
конфиги будут удалены вместе с программой (за исключением личных, тех, которые в хомяке у пользователя). Разумеется если ставился софт из исходников - с ним так хорошо не получится, но это особый случай. Далее идут тонкости и отличия linux систем от windows в принципе.
У винды настройки лежат в реестре - специальной базе данных. Физически это несколько больших файлов бинарного формата. Теоретически, это должно было дать прирост производительности для операций чтения и записи (а так-же много еще чего интересного, но сейчас не об этом речь), но вот на практике, получается так, что раздувшийся со временем после установки и удаления кучи софта файл на фрагментированном диске начинает систему замедлять. Иногда - очень сильно. А еще могут быть ошибки структуры реестра - вообще песня начинается. Нецензурная.
В линуксе - конфигурация программ лежит в небольших отдельных файлах (на 90% текстовых), в основном в /etc и немного в /usr/share. Т.е. доступ к ним настолько быстрый, насколько это позволяет файловая система к отдельному файлу. На практике получается, что к ним доступ в среднем хоть и немного медленнее чем к реестру свежеустановленной винды, но практически не деградирует с ростом количества файлов кофигурации и софта. И разумеется один запоротый файл не мешает остальным. А еще помогает кеширование файловой системы - небольшие файлы активно используемых программ помещаются в кеш целиком, а вот большой виндовский реестр - не всегда. Что тоже сказывается.
Потому чистить старые конфиги имеет большой смысл только если надо поставить программу "с нуля" или ради свободного места.
То же самое касается настроек пользователя - они в скрытых каталогах внутри хомяка в обычных файлах (в основном - но есть исключения. У оболочки mate например конфиг напоминает этот злосчастный виндовский реестр - для прямого редактирования нужен специальный редактор).
Далее, по поводу фрагментации. То что файловые системы linux совсем ей не подвержены - это миф. Другое дело, что видимых последствий очень немного из-за умного кеширования. Но и сам алгоритм выделения места работает умнее, это тоже присутствует. В результате, на практике, обычному пользователю о фрагментации действительно можно особо не задумываться, пока на диске присутствует где-то 15-20% свободного места (больше - лучше).
Разумеется это все про систему живую, где все компоненты работают без явных проблем.