А какой Вам смысл выносить папки на хард? Скорость теряете.
Я бы установил систему на SSD, но с обязательно выделенным хомяком. Не мороча голову, разбил бы его на три стандартных части в ext4 и всю основную работу выполнял бы на нём. Можно оставить 15% не размеченного, чтоб TRIM корректно работал. А вот хард бы разметил бы NTSF и просто дублировал бы на него наработки с SSD, освобождая хомяк. При такой раскладке хард всегда можно положить в карман и хоть под виндой, хоть под линём его смотреть. Чем чёрт не шутит, всё может быть, а так универсальнее. Ну, у меня именно так, только на SSD две системы и ещё общий кусок в NTSF для "дружеского международного общения уважаемых партнёров" - винды с линём
